Кобато — ученик первого класса средней школы. В прошлом у него были трудные времена, но теперь он полон решимости стать обычным и честным человеком.

У Кобато есть одноклассница по имени Осанаи, которая разделяет его стремление к простой и спокойной жизни. Они оба планируют жить непримечательной жизнью и начинают свои школьные годы, как и все остальные ученики.

Однако по какой-то причине их школьная жизнь наполняется загадочными событиями и другими неприятностями. Кобато не хочет привлекать внимание к своим наблюдательности и способности делать выводы, но ему приходится разгадывать загадки, с которыми они сталкиваются. Сможет ли он, наконец, прожить свои дни в качестве обычного человека рядом с Осанаи?